Keuangan RSUD Kab. Temanggung kini mengalami kesulitan. Hal tersebut terjadi karena tunggakan klaim pembayaran dari BPJS Keseharan sampai saat ini masih belum dibayarkan. Sampai Agustus 2019, tunggakan BPJS yang belum dibayar mencapai Rp36 M. Tunggakan yang sudah dibayar baru bulan Januari s.d. Maret.Jika sampai September tunggakan tersebut belum dibayar, maka RSUD Temanggung bersiap mencari pinjaman ke bank.