BPK melakukan audit eksternal secara virtual terhadap penerapan Sistem Pemerintahan Berbasis Elektronik (SPBE) di Kota Pekalongan. Pemkot Pekalongan telah menerapkan e-government atau SPBE untuk mewujudkan tata kelola pemerintahan yang bersih, efektif, transparan, dan akuntabel serta pelayanan publik yang berkualitas dan terpercaya.