Pemerintah Kabupaten Pati menganggarkan Rp2 miliar untuk merenovasi Masjid Agung Baitunnur.Renovasi ini meliputi pembangunan kubah dan penggantian plafon atap lama.Sumber dana berasal dari Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD) Kabupaten Pati 2021.
Renovasi Masjid Agung Baitunnur telah dimulai September ini dan direncanakan rampung Desember 2021 mendatang.Proyek ini dikerjakan CV Putra Wasilah dari Semarang.Adapun desain kubah dikerjakan oleh Arsitek Fauzan A.T. Noe’man.