Pemkab Kudus memberikan perhatian khusus untuk sektor kesehatan melalui Dana Bagi Hasil Cukai Hasil Tembakau (DBHCHT).Dalam perencanaan anggaran perubahan APBD 2021 yang telah dibahas di DPRD Kudus, Dinas Kesehatan Kabupaten (DKK) Kudus memperoleh alokasi Rp89,9 miliar
Alokasi terbesar untuk pengelolaan Jaminan Kesehatan Masyarakat (Jamkesmas) sebesar Rp32,2 miliar.Kemudian disusul program pengelolaan pelayanan kesehatan bagi penduduk pada kondisi kejadian luar biasa (KLB) sebesar Rp25,8 miliar.
Kemudian disusul alokasi anggaran lainnya untuk Puskesmas yang totalnya mencapai Rp13,3 miliar.Sedangkan sisanya kegiatan lain yang meliputi pelayanan kesehatan gizi masyarakat, bayi baru lahir, ibu bersalin serta pelayanan kesehatan kerja dan olahraga.
