Selain mengkover program kepersertaan Pemberian Bantuan Iuaran (PBI) Jaminan Kesehatan Nasional (JKN), Pemkab Kudus juga mensubsidi pembayaran kepersertaan kelas III mandiri aktif. Subsidi untuk kepersertaan kelas III mandiri aktif dikover melalui dana APBD. Sumber dananya berasal Dana Bagi Hasil Cukai dan Hasil Tembakau (DBHCHT).
Total anggaran untuk mensubsidi tersebut Rp1,176 miliar. Sampai dengan Agustus, Pemkab Kudus mesubsidi kepersertaan JKN kelas III mandiri aktif sebanyak 39.256 orang.