Gonjang ganjing defisit yang dialami BPJS Kesehatan sejak kelahirannya semakin membesar. Tahun pertama sejak 1 Januari 2014, defisit secara kumulatif hingga akhir 2018 diperkirakan Rp30 T lebih. Defisit ini telah ditambal dengan dana yang bersumber dari APBN setiap tahun.
Pembenahan secara menyeluruh sebagai solusi jangka panjang perlu dilakukan yang memerlukan waktu lebih pama di atas satu tahun agar oenyelenggaraan JKN oleh BPJS Kesehatan lebih berkesinambungan. Tindakan awal yang wajib dilakukan adalah melakukan audit manajemen oleh BPK.