Tunggakan retribusi pemakaian kekayaan daerah atau sewa kos dan los di Pasar Kliwon mencapai Rp3 M. Namun jumlah ini sudah berkurang, dari tunggakan sebelumnya yang mencapai Rp7M. Beberapa alasan pedagang yang menunggak antara lain belum memiliki uang. Ada juga pedagang yang masih berpegang pada surat HGB hingga 2021, meskipun statusnya sudah berakhir pada tahun 2016.
Pasar Kliwon Kudus memiliki 36 ruko, 863 kios, dan 1,356 los. Tarif sewa kios maupun ruko per meter persegi Rp500 per meter persegi per hari. Sewa los sebesar Rp250 per meter persegi per hari.
