Badan Pemeriksa Keuangan kembali menemukan penyimpangan dari praktik usaha yang dilakukan PT Pelindo II. Kali ini penyimpangan ditemukan dari perpanjangan kerja sama operasi Terminal Peti Kemas Koja, Jakarta dan pembiayaan pembangunan Terminal Peti Kemaas Kalibaru, Jakarta, dengan indikasi kerugian negara hingga Ro 2,6 triliun.
Temuan Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) itu merupakan hasil audit investigatif yang dilakukan atas permintaan dari Panitia Angket Pelindo II Dewan Perwakilan Rakyat, pada Rabu (31/1) di Kompleks Parlemen, Senayan, Jakarta. Ketua BPK Moermahadi Soerja Djanegara menyampaikan hasil audit investigatif itu kepada Ketua DPR Bambang Soesatyo. Bambang kemudian meneruskannya kepada Ketua Paniia Angket Pelindo II DPR dari Fraksi Partai Demokrasi Indonesia Peruangan, Rieke Diah Pitaloka.
Dalam perpanjangan kerja sama operasi Terminal Peti Kemas Koja oleh PT Pelindo II dan Hutchison Port Holdings yang diinisiasi Direktur Utama PT Pelindo II RJ Lino sejak 2011, Moermahadi menyebutkan perpanjangan perjanjian itu tanpa didahului permohonan izin konsesi kepada Menteri Perhubungan.