Dana untuk rehabilitasi gedung sekolah di Kabupaten Kudus, mengalami pengurangan. Dampaknya jumlah sekolah yang akan diperbaiki juga menyusul berkurang dengan adanya reasionalisasi anggaran untuk penanganan COVID-19. Sebelumnya ada 125 paket kegiatan rehabilitasi gedung sekolah, setelah rasionalisasi berkurang menjadi 78 paket kegiatan. Jumlah anggarannya juga berkurang dari semula mencapai Rp22 miliar, setelah rasionalisasi berkurang menjadi Rp16,12 miliar. Karena adanya pengurangan anggaran, maka proyek rehabilitasi anggaran gedung sekolah diberlakukan skala prioritas, khususnya bangunan sekolah mendapatkan prioritas.
Selain bersumber dari dari APBD Kabupaten Kudus, kegiatan rehabilitasi gedung sekolah juga mendapatkan kucuran dari dana alokasi khusus (DAK). Anggaran rehabilitasi sekolah yang bersumber dari DAK sebesar Rp16,61 miliar untuk memperbaiki 51 sekolah, sedangkan yang bersumber dari APBD Kabupaten Kudus 2020 digunakan untuk perbaikan 118 sekolah.
